多尔衮的八旗大军撤回关外，吴应熊立即派兵收回了陕西和山西等地。
祖大寿建议不要和清军决战，吴应熊为了避免在辽东的军队受到多尔衮和济尔哈朗的夹击，便也将明军撤往辽东，并下令由祖大寿任新的辽东总兵，镇守辽东，除了陆军，还在葫芦岛建立大明的海军基地。
多尔衮率军回到盛京以后，立即改组内三院，网罗精明能干的大臣，仿照明朝称为内三院大学士。范文程作为这些人的首领，最为他所器重。
多尔衮在等合适的时机，再次杀入中原，不过吴应熊已经不准备给他机会。
吴应熊收复秦晋之地后，在高皇后和红娘子的帮助下，接受了李过等人的投降，很快平息了大顺军的残余势力，收回了陕北、汉中、西北等失地。
按照吴应熊的承诺，大顺军除了小部分青壮精锐被打散收编，大多将被遣返回家乡种田。
吴应熊知道，在晚明那样以农业为主的时代，农业是解决大部分人口就业的基础，他们好好活着，大明的天下才不会乱。
到了崇祯时期，土地大量的集中到了少数豪强官贵手上。所以李自成建立大顺朝之后，基本头件大事就是改革土地，什么均田、度田就全来了，虽然名目不同，但目的却是一致的，那就是重新分配土地，让那些无地的流民重新回到土地上去，这样老百姓才能安居乐业。
不过，吴应熊要在百废待兴的陕西、山西、汉中等地搞土地改革，不用触动大地主的利益，因为明朝此时毕竟还是封建社会，地主阶级的利益要照顾。
不过，大顺军和清军为吴应熊很好地解决了这个难题，他们从**上消灭了许多大地主，很多地主都是全族被杀。还有很多地主畏于大顺军和清军的杀戮自杀，许多人抛弃自家的田产逃往他乡，只有少部分地主因为拥护清军，得以存活下来，明军你收复山西和陕西等地，这批人就成了背叛朝廷的人，吴应熊不杀他们，他们就感恩戴德了，收了他们的土地抵罪，算便宜他们了。
除此之外，还有许多农民死于战火，无论是有地的还是没地的，这都不重要，重要的是战火过后，留下的大量荒置无主的土地。
吴应熊让张煌言以朝廷的名义，名正言顺将这些无主的土地收归官有，然后再按照当地的人口比例重新分配，阻力相对而言很小。
张煌言却对吴应熊说：“光是陕西一地，流寇降兵就有六七万，再加上城中幸存的平民，近有十几万张口等着吃饭。如果再算上其他克复的城镇，这个数字就更为庞大，这对咱们的财政可是个不小的压力。对于平民百姓，咱们自然得方设法调拨粮赈济，粮少些无妨，保证能养活他们到明年的种粮收获就是了。可是那数万贼寇降兵却实在不是一个小数目，咱们就算要收编也只能收编一部分精壮的，剩下的又该怎么处置呢？留着他们的话，即便将他们全部遣返，那可是一个极不稳定的因素呀。”
“那依你之见呢？”吴应熊眉头暗皱，盯着张煌言问道。
张煌言把手横在脖间，做了一个杀头的动作：“依我看，咱们不如将他们全部坑杀，以绝后患。”
吴应熊摇摇头，道：“这些流寇，原来也是农民，没必要这么残忍，如果有闹事的，杀领头的就行，现在陕北人口锐减，我们正要留着他们种田，更何况本丞相答应过高皇后和红娘子，要留他们的性命，岂可言而无信，你还是将你的聪明劲放在如何让原来大顺占领区的老百姓安居乐业上吧。”
“好吧，竟然丞相决心已定，不妨如此。”于是，张煌言跟吴应熊讲出了一个关于在大顺占领地区进行土地改革的初步设想。
“第一步，在陕西、山西等范围内核查统计无主的田地，五亩以上者全部收归官府，五亩以下者，如果所有者在一个月之内者没有向官府申报，也将收归官府。然后，将接收过来的官地出售给农民，地价为耕地主要农作物正产品全年收获量的五倍，由承领农民分二十年平均摊还，不必负担利息，并规定每人所买之土地面积，不得超过十亩，并且，在还完租金之前，不得出卖土地。”
吴应熊说：“这样很好。农民基本上种五年田地，地就是他的了，永久归他。每年的田租也就百分之二十五，不算多。”
张煌言说：“这办法好。而且对经受过战火的农村实行减税，限定租额，地租不得超过全年主产品收获量的百分之二十五，以减轻农民的负担。同时，也保障地主的利益，规定佃农按时纳租，欠缴地租地主可以解雇等。”
吴应熊说：“你说的有道理。官地的销售，大顺的降卒们也将享受同等待遇，这样便可以较为妥善的解决降卒们的稳定问题。其实流寇都来自于无地的农民，这些人因为穷困，在走投无路之下才选择了造反。他们不到活不下去的份上，不会再造反的。我们安置好了这些闯军，其他农民军也会归顺朝廷的。另外，我们还要鼓励开荒，减租减赋。”
张煌言说：“丞相高见，李自成起兵时，不过千余之众，后流窜十余省，其所过之处，振臂一挥，当地的农民便是闻风而蚁聚，他们冒着被杀头的危险，加入贼军，迎闯王、不纳粮，对他们来说是很大的诱惑！”
“除了土地，还有朝廷的**。”吴应熊沉思半晌，叹道：“自崇祯皇帝以来，朝廷对农民们所征的税日益加重，各地官吏为